Quatrième fils de Clovis 1er il reçoit à la mort de son père en 511 une partie de son royaume avec comme capitale Soissons. Mais, chez les Mérovingiens, le partage du royaume entre les héritiers sera toujours source de conflits chacun guettant une faiblesse de l'autre pour s'approprier ses domaines.

Ses épouses:
Ingonde sa concubine depuis 517 devient son épouse en 532. Ayant demandé à Clotaire de trouver un mari pour sa jeune sœur Arégonde, celui-ci l'épousa (quelques années avant la mort d'Ingonde). Radegonde prisonnière à 11 ans de Clotaire fut éduquée religieusement par Ingonde en 538-40 Clotaire l'épousa malgré sa volonté. Elle finit par imposer sa vocation religieuse en 552-3 elle fonda le monastère Notre-Dame près de Poitiers. Clotaire épouse Gundiuque la veuve de son frère Clodomir à la mort de celui-ci en 524. En 555 il épouse Vuldetrade veuve de  Théodebald son petit neveu mais il la répudie peu de temps après et la donne en mariage au duc des Bavarois. On ne sait rien de Grinside
A cette époque , la polygamie est fréquente chez les rois Germains bien que contraire à la religion catholique
 

En 523-524, à l'instigation de leur mère Clotilde, dont les parents avaient été assassinés par Gondebaud roi des Burgondes, Clotaire et ses deux frères (les 3 enfants de Clotilde) Clodomir et Childebert font la guerre aux Burgondes. .
Clodomir est tué au cours de la bataille de Vézeronce le 25 juin 524. Clotaire qui convoite le royaume de Clodomir épouse sa veuve Gundiuque mais, en vertu de la loi salique, le domaine doit être partagé entre ses trois fils. En 532  son frère Childebert et lui assassinent deux des enfants de Clodomir ( 7 et 11 ans ) le troisième réussit à se cacher puis renonçant à la succession entra dans un monastère et se fit moine. Il fondra un monastère et sera connu sous le nom de Saint-Cloud . Childebert et lui purent ainsi se partager le royaume de Clodomir .

Après avoir aidé le roi de Thuringe Hermanfred à se débarrasser de son frère Baderic, Thierry 1er se dit lésé lors du partage. En 531 il fait appel à Clotaire son frère pour pour monter une expédition contre le thuringien. Hermanfred  sera tué , la Thuringe soumise sera annexée au royaume franc. Les frères se partagèrent le butin. L'appropriation de  Radegonde  fille du roi thuringien fut l'objet d'âpres discussions entre les deux frères mais finit par revenir à Clotaire. (voir le paragraphe épouses) . Elle se refusera toujours d'être sa femme, fondera un monastère, sera  Sainte Radegonde, avec le temps.

En 532 Childebert et lui fondent sur la Bourgogne. Gondomar est vaincu ( victoire d'Autun ) et son royaume est annexé au royaume franc

En 542 avec son frère Childebert, il fait une incursion en Espagne, ravage Pampelune , fait le siège de Saragosse. Il doit abandonner Saragosse, ses troupes disséminées par la maladie.

Son petit neveu Théodebald, fils de  Théodebert  et petit-fils de Thierry 1er, son frère,roi d'Austrasie meurt sans   descendance en 555. Il réunit l'Austrasie à son royaume mais s'attire la rancoeur de Childebert avec qui il aurait dû partager. Celui-ci va aider Chramne , fils de Clotaire et de Grinside dans sa révolte contre son père. Clotaire avait chargé son fils Chramne de le représenter dans le centre de la France. Il s'installe à Clermont mais bientôt il gère les choses à son propre compte avec la connivence de Childebert. Clotaire qui guerroie contre les Saxons envoie ses fils Caribert et Gontran et une armée redresser la situation. Chramne fait alors courir le bruit de la mort de Clotaire ce qui contrarie l'expédition. Le 23 décembre 558 Childebert décède de maladie. Chramne alors se retrouve sans soutien et doit se soumettre à la volonté de son père. Clotaire lui accorde son pardon mais le place sous surveillance. En 560 Chramne s'enfuit, il rejoint le comte de basse Bretagne Conomor ennemi de Clotaire. Clotaire accompagné de son fils Childéric s'avance avec son armée. Conomor est tué dans la bataille et Chramne est capturé alors qu'il se préparait à embarquer pour l'Angleterre. Il est condamné à mort et exécuté ainsi que sa femme et ses filles.

 A la mort de Childebert (558), Clotaire s'approprie son royaume et devient le seul maître des états Francs
L'unité des états Francs ne durera pas longtemps car à sa mort en 561 son royaume sera à nouveau partagé entre ses fils.

Le partage de son royaume verra apparaître trois entités, l'Austrasie, la Neustrie et la Bourgogne

En 548 Clotilde meurt, elle est enterrée près de Clovis son époux dans la basilique saint Pierre à Paris qu'elle avait faite construire